Įstaiga įsteigta 1963 metais kaip Alytaus miesto mokykla internatas. Buvo pavaldi Alytaus miesto LDVK.

1987 m. įstaiga tampa Alytaus mokykla internatu našlaičiams ir likusiems be tėvų globos vaikams.

1990 m . pakeičiamas įstaigos pavaldumas. Įstaiga tampa pavaldi tuometinei LR Švietimo ministerijai.

1993 m. įstaiga reorganizuojama į Alytaus vaikų globos namus. Pavaldumas nesikeičia.

1997 m. pakeičiamas įstaigos pavaldumas. Įstaiga tampa pavaldi Alytaus apskrities viršininko administracijai. Patikslinamas pavadinimas. Įstaiga vadinasi Alytaus valstybiniais vaikų globos namais.

2010 m. įstaigos, dabar jau Alytaus vaikų globos namų steigėjo teises perima Alytaus miesto savivaldybės taryba.

2018 m. gruodžio 20 d. pakeičiamas senas įstaigos pavadinimas į Alytaus miesto šeimos centro pavadinimą ir nustatomos naujos veiklos sritys bei funkcijos.